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微孢子虫的生活史均起始于成熟孢子在适当环境下将极丝挤出，释放具有侵染性的孢原质（sporoplast），发育过程包括孢原质期（sporoplasmodium）、裂殖期（merogony）、产孢期（sporogony）、成熟孢子（mature spore）四个阶段，其间裂殖体的增殖方式、孢核数目及形态变化、产孢体生成之孢子母细胞细胞数等构成鱼类微子虫多样性。产孢期是位于寄主细胞外具有感染力的阶段，其他阶段则位于寄主细胞内发育。微孢子虫感染寄主细胞主要有二个阶段，微孢子虫孢子被激活和微孢子虫孢子发芽及孢原质入侵寄主细胞，而整个感染过程包括1.微孢子虫孢子的激活2.微孢子虫孢子壁通透性的改变和孢子内部渗透压升高3.渗透压升高导致极膜层和后极泡吸水膨胀4.孢子内压升高压迫极丝解螺旋，并弱化极帽而弹出极丝5.弹出的极丝刺入寄主细胞，孢原质经极丝被注入寄主细胞，并随血液循环到达靶的器官，完成感染过程，其感染的器官随微孢子虫之种类而定，如香鱼">香鱼微孢子虫（G. plecoglossi）则可感染鱼体内各脏器，包括肝、肾、脾、心脏、体腔脂肪组统及脑，在幼鱼可见腹部肿胀，甚见肌肉或眼睛可见多数白色囊状构造（glugea cyst，大小约4-5㎜）。
依李氏（2000）之感染试验，在水温20℃～23℃下以每毫升107孢子经口感染虹鲟，5分钟中后以原位杂交法（in situ hybridization）可在肠上皮细胞内及黏膜固有层发现入侵之香鱼">香鱼微孢子虫孢原质，感染30天后脏器可见异物瘤的产生。Shaw等氏（1998）研究Loma salmonae之传染模式，实验结果推论鱼吞食孢子是主要的自然感染途径，孢子进入鱼体后在胃、幽门盲囊或前肠释放孢原质并进入器官的上皮细胞，开始展略孢子发育，然后进入血液循环，最后到达靶的器官，即成熟孢子寄生的部位，这也是心脏、脾、肾等器官发现前孢子（prespore）和孢子的原因；另外有些学者认为　噬细胞对孢子的吞噬作用不完全，因为微孢子虫在鱼体内发生机会性感染的一种重要方式，可能是孢子被吞噬细胞吞噬后逃避溶解体（Lysosome）的溶解而感染相应组织。
不同种微孢子虫的发育週期虽然有差异，但都由裂殖体（meront）增殖开始扩散到其他细胞，然后是孢殖体（sporont）增殖呈孢子母细胞（sporoblast）后转为成熟孢子（mature spore），均在同一宿主体进行，一般3至5天为一週期，无有性生殖；有些微孢子虫是在宿主细胞胞浆中的空泡内生长繁殖，有的直接在宿主细胞胞浆中生长。疾病型态及流行病学